株式等を譲渡した際には、譲渡に係る特例が設けられています。
主なものとしては、①特定口座制度、②上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除、③破産等で株式の価値が失われた場合の特例等があります。 

• 特定口座制度は、証券会社に一定の要を満たす特定口座を開設した場合、その特定口座内における上場株式等の譲渡所得等の金額については、証券会社が計算をし、証券会社から送られてくる「特定口座年間取引報告書」により、簡便に申告ができます（簡易申告口座）。また、特定口座内での所得に対して源泉徴収することを選択した場合（源泉徴収口座）は、その上場株式等の譲渡所得は原則として、確定申告は不要ですが、他の口座の譲渡損益と相殺する場合や、上場株式等に係る譲渡損失を繰越控除する特例の適用をうける場合には、確定申告の必要があります。 

  • 譲渡損失の損益通算と繰越控除は、上場株式を証券会社を通じて売却した際生じた損失の金額がある場合、平成21年分以降、確定申告によりその年分の上場株式等に係る配当所得の金額（申告分離課税を選択したものに限る）と損益通算ができます。また、損益通算してもなお控除しきれない損失金額は、翌年以降3年間にわたり、確定申告により株式等に係る譲渡所得等の金額及び上場株式等に係る配当所得の金額から繰越控除できます。

• 破産等により個人の所有する株式の価値が失われても、その損失は原則として他の株式等の譲渡益等から控除できません。しかし特定口座で保管されていた内国法人の株式等が破産手続きの開始等により価値を失った場合、その株式の取得価額を譲渡損失の金額とみなす特例があります。この特例により譲渡損失とみなされた金額は、その年の他の株式等の譲渡益から控除できますが、控除しきれない場合でも、その損失は繰越控除できません。